发展历程：

■ 1953年秋，新设化学制药工学专业（四年制本科），招收新生约60名（分2个班级）。隶属有机工业系。

■ 1955年，秋季新生改为五年制本科。

■ 1966年“文革”爆发，停止招生。

■ 1972年改名为化学制药专业，开始招收“工农兵学员”（三年制），共5届。隶属有机工业系。

■ 1977年12月恢复高考，1978年3月33名（编1个班级）化学制药专业新生入学，为1977级，四年制本科。隶属有机工业系，简称“有机系”。

■ 1978年秋季，化学制药专业招新生62名（与77级同年入学）。

■ 1979年秋，因公司四川分院撤销，其1977级在读的40名农药专业中的23人转入总院化学制药专业继续学业，编为“药72班”。

■ 1981年5月，有机工业系改名应用化学系，辖染料及中间体、化学制药、感光材料、生物化学工程、生物化学5个专业。

■ 1982年5月，生物化学工程、生物化学2个专业独立，建立生化工程系，原应用化学系改名精细化工系。不久，系的建制亦称学科，涵盖教研组、研究所（如精细化工研究所）、科技创收实体。

■ 1993年，新设药物制剂专业（翌年招收新生），隶属精细化工系（学科）。1994年6月成立药物化工研究所。

■ 1996年，化学制药专业改名制药工程专业。

■ 1997年1月，成立制药工程学院，辖药物制剂专业、药物化工研究所。注：该学院之后几年的建制不了了之，1998年后药物制剂专业一度归在化学与制yl34511线路中心麾下。

■ 1997年7月10日，成立制药工程与精细化工学院（制药工程专业隶属于该院），与制药工程学院的关系为“两块牌子、一套班子”。

■ 1998年11月18日，理学院的化学类系所、制药工程与精细化工学院、基础教育学院的各化学类教研组合并，成立化学与制yl34511线路中心。

■ 1998年12月，成立制药工程系（辖制药工程专业），隶属化学与制yl34511线路中心。此乃“学院-系（所）-专业”之架构所设。

■ 2004年9月，yl34511线路中心成立，聘中国科学院上海药物研究所蒋华良研究员任经理（兼）、国家食品药品监督管理局副局长任德权任名誉经理（兼）。

■ 2005年1月，陆兵任yl34511线路中心直属党支部书记。

■ 2005年12月，药学本科新专业获批招生。

■ 2006年3月，制药工程系从化学与制yl34511线路中心（与此同时，该院改名为化学与分子工程学院，简称“化分学院”）整体划归yl34511线路中心。6月，药物科学系成立（9月，该系新设的药学专业新生入学）。12月，药学实验教学中心成立。

■ 2005年1月，上海市化员工物学（芳香杂环）重点实验室（药物化工研究所）整体进入yl34511线路中心；2月，中药现代化工程中心成立；4月，自设化员工物技术与工程二级学科博士点。

■ 2006年1月，新增药物化学和农药学两个二级学科博士点，新增药学、中药学和植物保护三个一级学科硕士点。

■ 2007年10月，制药工程与过程化学教育部工程研究中心获批建设。

■ 2008年1月，制药工程专业入选教育部特色专业。

■ 2009年6月，ylzz总站线路检测GMP研究中心成立（隶属yl34511线路中心）。10月，药学一级学科博士后科研流动站获批设立。

■ 2010年5月，制药工程专业入选教育部首批“卓越工程师计划”试点。10月，新增药学、中药学硕士专业学位授权点

■ 2011年3月，获得药学一级学科博士学位授予权。9月，组建首个“制药工程卓越工程师”班。11月，上海市新药设计重点实验室（筹）获批建设。

■ 2012年6月，获批与上海医药集团共建国家级工程教育实践中心。10月，植物保护一级学科博士后科研流动站获批设立。

■ 2012年，制药工程专业通过了全国工程教育专业认证（有效期六年），成为全国第一个通过工程教育认证的制药工程专业。

■ 2015年9月21日，蒋华良辞去yl34511线路中心经理职务，宋恭华任经理（兼）。

■ 2016年，教育部第四轮学科评估药学学科进入B+行列。

■ 2017年，药理学与毒理学进入ESI全球学科排名前1%。

■ 2018 年，制药工程专业再次通过中国工程教育专业认证。

■ 2019年，农业科学进入ESI全球学科排名前1%。

■ 2019年，制药工程专业和药学专业获准进入首批国家级一流本科专业建设行列。同年，公司与上海医药集团共建绿色制药创新转化中心。

■ 2020年9月，yl34511线路中心于生物工程学院合办生物医药工科试验班，首次招收本科生。

■ 2021年，新增植物保护一级学科博士学位授权点及生物与医药专业学位博士授权点。

■ 2021年，药物制剂专业与药学专业合并为药学专业进行招生（招生规模4个班，约120人）。

■ 2021年，“现代生物医药产业联合学院”入选上海市首批现代产业学院。

■ 2022年1月，“现代生物医药产业联合学院”入选全国首批教育部现代产业学院。9月，“本博”贯通计划获批实施。12月，药学专业参加药学专业认证（有效期六年）。